生物肥料的种类很多，现在推广应用的主要有根瘤菌类肥料、固氮菌类肥料、解磷解钾菌类肥料、抗生菌类肥料和真菌类肥料，等等。这些生物肥料有的是含单一有效菌的制品，也有的是将固氮菌、解磷解钾菌复混制成的复合型制品。
目前市场上除了根瘤菌类等少数肥料制品是含单一的有效菌外，大多数制品都是复合型的生物肥料。
