现在的不动产权证书是包含房屋和土地一体的证书,各地方证书有差异,有的标明了分摊土地面积,有的不标明。实际上,所谓的土地证上的面积是房产面积分摊的土地面积,与权属没有什么关系,我国的土地都是国家和集体所有,非个人所有。你所描述的情况对拆迁补偿应该没有影响。